为了提高组内沟通效率,减少因软件版本不同导致的各种兼容问题,现对组内成员经常使用的科研办公软件的版本做如下约定。
优化NFS传输速度
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Other
默认情况NFS挂载方式会极大降低数据传输速度,导致VASP等程序在计算节点和管理节点上的运行速度有很大差距,本文记录了如何更改NFS服务器写入规则,优化NFS数据传输速度。
课题组计算化学集群搭建
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实验室
本文记录了课题组计算化学集群的配置过程
课题组 HPC 计算服务器 vaspkit 配置
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实验室
vasp与vaspkit配合使用将极大的提高效率。但默认情况下 vaspkit 会安装在用户目录下。如果很多用户都会使用到 vaspkit,那么将其安装在公共目录下更加合适。本文记录了如何在自己的账号中配置 vaspkit。
课题组计算服务器任务提交脚本
本文记录了课题组服务器集群的任务提交脚本,方便大家取用。
过渡态方法计算材料扩散系数
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ComputMat
本文记录了过渡态方法计算扩散系数的公式推导,并给出了对应的Python计算脚本。
一行命令删除 VASP 输出文件
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software
vasp 的输出结果通常包含很多文件,这些文件占用了大量硬盘空间,做完分析后我们可以将这些文件删除来节省空间,本文记录了快速删除这些文件的命令。
VASP 5.4.4 + VTST 编译安装
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software
VTST是VASP的过渡态工具,本文记录了为 VASP 添加 VTST 功能的编译安装过程。
VASP 错误 WARNING in EDDRMM: call to ZHEGV failed, returncode = 6 3 9
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ComputMat
本文记录了vasp错误输出 EDDRMM: call to ZHEGV failed 的错误原因及解决方案
通过 WxPusher 推送计算任务
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ComputMat
之前使用发邮件的方式来推送计算任务。但这种方式配置比较繁琐,接收端还需要打开邮件查看的时间成本。最近发现了 WxPusher 这个信息推送工具,配置简单,可以将信息直接发送到微信上,这篇文章记录了配置过程。