vaspkit 批量提取态密度数据

提取总态密度（TDOS）和投影态密度（PDOS）

vaspkit 提取态密度

vaspkit 中与态密度相关的功能代码为 11* ，具体如下（官方文档）

代码	功能
111	Get the total DOS.
112	Output projected DOS for selected atoms to separate files.
113	Output projected DOS for every elements to separate files.
114	Output sum of projected DOS for selected atoms to one file.
115	Output sum of projected DOS for selected atoms and orbitals to one file.

输入不同代码使用不同功能，根据界面提示输入信息完成计算结果的处理。

单个计算快速提取态密度

以尖晶石型锰酸锂为例，DOS 计算结束后，可以通过如下命令提取总态密度信息，并将屏幕输出保存至包含当前日期的日志文件：

(echo '111') | vaspkit  > vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log

命令执行后，当前目录下的 TDOS.dat 文件即可用于绘制 DOS 图。

提取指定原子和轨道的投影态密度要稍复杂些，如提取 Mn 的 3d 轨道和 O 的 2p 轨道，可以使用如下命令：

(echo '115'; echo 'Mn'; echo 'd'; echo 'O'; echo 'p'; echo -e '\n') | vaspkit > vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log

vaspkit 最后一个输入参数 echo -e '\n' 模拟回车键，退出 vaspkit 选择界面。

如果要同时提取 TDOS 和 PDOS，需要把第二个屏幕输出重定向改为追加模式，否则前一个的屏幕输出会被覆盖。

(echo '111')| vaspkit  > vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log
(echo '115'; echo 'Mn'; echo 'd'; echo 'O'; echo 'p'; echo -e '\n') | vaspkit >> vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log

date +%Y%m%d 可以生成当前年月日 20220607 ，date +%T 可以生成当前时间 (如 17:23:07 ），date +%H%M%S 可以生成当前时间对应的时分秒 （如 172307）

多个相似计算提取态密度

以上介绍了对于一个计算结果，如何快速提取态密度数据，如果我们有多个计算结果，可以搭配循环语句快速提取每一个计算结果的态密度数据。

仍然以尖晶石型锰酸锂为例，当前目录下有 9 个子目录，每个子目录下都是一个态密度计算的结果（如下）：

LixMn2O4_111-Vac0_i0_w1    LixMn2O4_111-Vac3_i00_w48  LixMn2O4_111-Vac6_i00_w16
LixMn2O4_111-Vac1_i0_w8    LixMn2O4_111-Vac4_i00_w24  LixMn2O4_111-Vac7_i0_w8
LixMn2O4_111-Vac2_i00_w16  LixMn2O4_111-Vac5_i00_w48  LixMn2O4_111-Vac8_i0_w1

可以通过下面的脚本提取每个计算结果中的态密度数据

#!/bin/bash

for dirname in *
do 
	cd $dirname
	(echo '111')| vaspkit  > vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log
	(echo '115'; echo 'Mn'; echo 'd'; echo 'O'; echo 'p'; echo -e '\n') | vaspkit >> vaspkit-extract-dos-dat_`date +%Y%m%d`.log
	cd ../
done

通过这个脚本可以在每个子目录下生成 TDOS.dat 和 PDOS_USER.dat ，我们再将其复制到本地作图即可。

使用 printf 格式化输出将文件传输至本地

我习惯使用 scp 在服务器和本地传输文件，但每次都要 进入传输的文件路径 > 复制文件地址 > 本地敲命令传输 十分繁琐，因此我构建了一个自动在屏幕输出 scp 传输命令的句子，就可以很方便地实现文件传输。

printf "%s %s%s%s %s%s%s%s%s\n" scp `hostname` : `readlink -f $dirname/PDOS_USER.dat` ./ `date +%Y%m%d` _ $dirname _PDOS_USER.dat

将这个句子放入上面的循环中，就可以实现在屏幕上输出传输文件要使用的 scp 命令，屏幕输出结果类似 scp yourhostname:/your/file/path ./20220607_path_PDOS_USER.dat 之后就可以将其复制到你本地的 SHELL 传输文件喽~

我这里通过 hostname 来指定服务器地址是提前在 ~/.ssh/config 中配置过，具体可以参考这篇文章配置。

同理，我们也可以写出传输 TDOS.dat 文件的句子：

printf "%s %s%s%s %s%s%s%s%s\n" scp `hostname` : `readlink -f $dirname/TDOS.dat` ./ `date +%Y%m%d` _ $dirname _TDOS.dat

上面讲的是态密度数据的提取，对于很多任务都是通用的。要抓住不同任务的相同点，灵活运用循环语句来提高数据处理效率。

参考文献

[1] Tutorials — VASPKIT 1.3 documentation