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常用VASP计算步骤备忘

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如题，本文记录了一些VASP常见计算的计算步骤。如过渡态、虚频、电荷差分、Bader电荷等的计算。

过渡态计算 CINEB方法

复制始末态的CONTCAR为POSCAR1和POSCAR2

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cp KPOINTS POTCAR INCAR job.pbs

查看两个POSCAR中的元素是否为一一对应关系 且选择了相同的固定方法

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dist.pl POSCAR1 POSCAR2   #查看距离

使用 nebmake.pl 插点

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nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 X 
# X 为插点个数，一般取距离/0.8，且必须被核心数整除

检查新建的目录，查看POSCAR的固定情况

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for x in ??; do (cd $x; ln -sv ../POTCAR); done # 将POTCAR复制进入各目录
for x in ??; do (cd $x; vasp-pos-to-cif5 POSCAR); done > t.cif

使用 Jmol 观察t.cif 检查插点是否合理
修改INCAR

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IBRION = 1 		# 不可等于2
POTIM = 0.2		# =0.1
IMAGES = X 		# 插点数  
SPRING = -5   
LCLIMB = .T.	# 需要爬坡

修改 job.pbs 中的资源数

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nodes = 2 or  ppn  = 48

复制初末态结构优化的OUTCAR进入始末目录下

提交计算任务

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nebef.pl # 查看能量
for x in ??; do (cd $x; vasp-pos-to-cif5 CONTCAR) ; done > t.cif
# 检查计算结果 输出t.cif文件

虚频计算

mkdir freq新建freq目录
将过渡态计算中能量最高点目录下的CONTCAR拷贝进新建的目录
固定除了气体分子以外的其他原子 命名为POSCAR
复制KPOINTS POTCAR INCAR job.pbs
对INCAR进行设置

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IBRION=5 
POTIM=0.015 
#NPAR=4 关掉过渡态计算

提交任务

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grep cm OUTCAR # 查看虚频计算结果
vasp-freq-to-xyz5 OUTCAR > f.cif

Jmol打开 开启震动 向量

ORR反应

H2优化​

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ISPIN = 0

优化
​直接新建slab o2-ads ooh-ads o-ads oh-ads
​1.23 eV 能量矫正(存在电子转移的步骤)
​自由能矫正

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zpe  cp CONTCAR  ./zpe  # 弛豫气体分子固定表面

INCAR设置

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IBRION  = 5
POTIM   = 0.015
NFREE = 2
#NPAR = 2

输出矫正值
气体分子(O2分子需要外推)
vaspkit 5 502 298.15 大气压 1
h2o(l) #液态
vaspkit 5 502 298.15 0.035 1 #矫正到饱和蒸汽压下的气态水 即为液态时的自由能
step
vaspkit 5 501 298.15

电荷差分

total自洽 

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EDIFF   = 1E-6
NSW     = 0
EDIFFG  = -0.05
IBRION  = -1
POTIM   = 0.1
LWAVE = .F.
LAECHG = .T.
LCHARG = .T.

CONTCAR拆分成slab gas分别自洽
Chgdiff Visualization
获得CHGCAR-all CHGCAR-slab.vasp CHGCAR-gas.vasp 置入同一chgdiff文件夹
打开VESTA, 拖入CHGCAR-all
Edit—->Edit Data—->Volumetric Data
Import两个.vasp文件—->Operation—->Subtract from current data—->OK
Style下的Properties
调整晶胞边界线
调整电荷密度等高线
电荷密度色彩
File—->Export Raster Image—->Scale x 输入3—->勾选背景透明—->OK

Bader电荷

​ INCAR参数设置 

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EDIFF   = 1E-6
NSW     = 0
EDIFFG  = -0.05
IBRION  = -1
POTIM   = 0.1
LWAVE = .F.
LAECHG = .T.
LCHARG = .T.

​ 

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chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2
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bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum

读取ACF.dat文件

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grep VRHFIN OUTCAR      # 输出原子的价电子层